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首都医科大学创建于1956年，是北京市重点高等院校，是北京市政府、国家卫生健康委员会、教育部共建院校。已故著名泌尿外科专家、两院院士、全国人大常委会副委员长吴阶平教授为首任校长。现任党委书记为呼文亮研究员，校长为我国著名分子神经生物学家饶毅教授。

学校校本部设有10个学院、1个学部、1个研究中心和1所附属卫生学校，包括基础医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、生物医学工程学院、中医药学院、医学人文学院、全科医学与继续教育学院、马克思主义学部、国际学院、燕京医学院，脑重大疾病研究中心，附属卫生学校。学校现有21所临床医学院（其中19所为附属医院），包括首都医科大学宣武医院（第一临床医学院）、附属北京友谊医院（第二临床医学院）、附属北京朝阳医院（第三临床医学院）、附属北京同仁医院（第四临床医学院）、附属北京天坛医院（第五临床医学院）、附属北京安贞医院（第六临床医学院）、附属复兴医院（第八临床医学院）、附属北京佑安医院（第九临床医学院）、附属北京胸科医院（第十临床医学院）、首都医科大学三博脑科医院（第十一临床医学院）、附属北京地坛医院（第十二临床医学院）、附属北京儿童医院（儿科医学院）、附属北京口腔医院（口腔医学院）、附属北京安定医院（精神卫生学院）、附属北京妇产医院（妇产医学院）、附属北京中医医院（中医药临床医学院）、附属北京世纪坛医院（肿瘤医学院）、附属北京康复医院（北京康复医学院）、附属北京潞河医院（潞河临床医学院）、中国康复研究中心（康复医学院）、中日友好医院（中日友好临床医学院），以及预防医学教学基地（北京市疾病预防控制中心）。学校还设有38个临床专科学院、专科学系，32个临床诊疗中心。

学校现有全日制在校生12422人，其中研究生4648人，本科生5309人，高专高职生1765人，留学生700人；成教生3121人。学校和附属医院现有教职员工和医务人员42791人（校本部1470人，附属医院41321人）,其中有院士7人；正高职称2596人，副高职称4164人；教授944人，副教授1303人；博士生导师689人，硕士生导师1124人。

学校现有8个国家重点学科，2个国家重点（培育）学科；60个国家临床重点专科（含中医）；14个国家中医药管理局重点（培育）学科；4个北京市一级重点学科，6个北京市二级重点学科，1个北京市重点交叉学科，1个北京地区高等学校学科群。学校临床医学、神经科学与行为学、药理学与毒理学、免疫学、生物学与生物化学、分子生物学与遗传学、社会科学总论7个学科进入ESI学科全球前1%排名，其中，临床医学进入ESI学科前1‰，神经科学与行为学、药理学与毒理学进入全球前5‰。

有8个一级学科博士学位授权点和13个一级学科硕士学位授权点；按照三级学科统计，有59个博士学位授权点和77个硕士学位授权点；具有所有医学及医学相关学科的硕士、博士专业学位授予权。有9个博士后科研流动站。学校设置的长学制专业有临床医学、儿科学和口腔医学；本科专业有临床医学、基础医学、口腔医学、儿科学、预防医学、精神医学、药学、临床药学、中医学、中药学、护理学、生物医学工程、假肢矫形工程、康复治疗学、听力与言语康复学、公共事业管理（卫生管理）、法学（卫生法学）、医学实验技术、医学检验技术、医学影像技术、信息管理与信息系统（卫生信息管理）、眼视光医学、卫生检验与检疫、助产学24个；高职专科教育设有护理、医学检验技术、药学等14个专业。学校培养医学与医学相关学科的学术型和应用型人才，形成了全方位、多层次、创新型人才培养模式。

学校目前有教育部、国家卫生健康委员会“卓越医生教育培养计划”试点项目6个；7个国家级和10个市级特色专业、2个北京市一流专业；7门国家级和18门市级精品课程、5门国家级精品资源共享课程、1门国家级精品视频公开课；3个国家级和6个市级实验教学示范中心、3个国家级人才培养模式创新实验区和1个市级人才培养模式创新试验区、1个国家级大学生校外实践教育基地、5个北京市级校外人才培养基地和1个素质教育基地；7个国家级优秀教学团队、1个黄大年式教师团队和11个市级优秀教学团队，1名国家级教学名师、24名市级教学名师、1名青年教学名师、3名“高创计划”教学名师。学校共获得教育教学成果奖国家级特等奖1项、二等奖7项、优秀奖1项，市级特等奖2项、一等奖22项、二等奖34项、优秀奖1项。学校2014年高水平通过了教育部临床医学专业认证，2018年在教育部本科教学工作审核评估中获得专家组充分肯定。

学校有1个国家儿童医学中心、6个国家临床医学研究中心；1个省部共建国家重点实验室培育基地、5个教育部重点实验室、1个省部共建协同创新中心，1个北京实验室、54个北京市重点实验室；1个国家工程实验室、1个国家工程技术研究中心、4个教育部工程研究中心、10个北京市工程技术研究中心；有3个教育部创新团队，3个科技部重点领域优秀创新团队。学校“人脑保护高精尖创新中心”获批首批北京高精尖中心。在拥有一批国家级和市级重点学科和重点实验室的同时，学校建有高水平的国家级、市级研究和培训机构，如国家生命科学与技术人才培养基地、原卫生部全科医学培训中心、北京市全科医学培训中心、首都卫生管理与政策研究基地等。近5年来，学校承担了国家重点研发计划、国家科技重大专项、国家自然科学基金、国家社会科学基金、北京市科委以及北京市自然基金等科研项目2940项（其中国家级科研项目1545项），累计科研经费26.62亿元（其中国家级项目经费20.64亿元）。获得各类各级奖励85项，其中国家科技进步奖8项、北京市科技奖37项、教育部高等学校科学研究优秀成果奖5项、中华医学科技奖22项、吴阶平系列医学药学奖6项、茅以升北京青年科技奖2项、何梁何利科技奖1项、中源协和生命医学奖2项；北京市哲学社会科学优秀成果奖1项、北京市优秀调查成果奖1项。获得专利授权649项。

学校建有图书馆、档案馆、校史馆、中心实验室、信息中心、实验动物部、学报编辑部、校医院等公共服务平台。