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养鱼的老头
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日光浴的懒猫

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由于我本身是学计算机的,现在以及未来的研究方向主要是生物信息学。所以,仔细学习一下分子生物学很有必要,因为很多生物的实验原理以及生物学概念(转座子、增强子、顺式调控元件等等)在看论文的时候如果没接触过,很容易看的头大。因此本文面向的主要对象是计算机专业,研究生物信息等领域的初学者。 废话不多说了,我阅读的教材是朱玉贤的第4版,由于是从阅读到中间开始记录的。部分没有记录的章节要点稍后补全。 第5、6章主要讲常用的实验技术,对明白生物相关的论文为什么要做某些实验,以及在要找相关的数据的时候,用哪种实验的数据都很有帮助。 重组DNA通常是通过将特定DNA片段整合到病毒或者质粒等载体上,构成重组DNA,通过侵染或者注入等形式进入宿主细胞。使得宿主细胞得以表达某些DNA,通常的目的有:合成蛋白质,研究某些DNA的功能等。 重组DNA的必备原料有: 部分载体具有多克隆位点:即包含多个限制性酶切位点,他们是外源基因的插入部位,通过多克隆位点可以实现多种不同的DNA重组,如可以同时获得多种抗性。 蓝白斑筛选:DNA重组并得以在宿主内表达的菌落呈白色,而非转化的菌落呈蓝色。 细菌转化:将外源的DNA分子和载体进行重组后,需要将其送到宿主内,通常如大肠杆菌等对重组后的DNA吸收能力差,需要使用如氯化钙处理,才能够较好的吸收这些重组DNA,使其在宿主细胞内表达。 经过Cohen和Boyer等人的研究发现:某些高等生物如非洲爪蟾的基因,也可以通过DNA重组技术移到原核细胞(如大肠杆菌)中,并能够成功表达。 由于DNA链的多核苷酸呈阴离子状态,放在电场中,会向正极移动,移动的距离和构成DNA的核苷酸的数量相关(因为每个核苷酸带的电量基本是相同的),由于其带的电荷量以及分子大小的不同,在电泳中迁移的速率不同,迁移的距离也不同,故能够分离DNA片段。 通常凝胶对DNA片段的分辨能力与浓度有关。相同类型的凝胶,浓度越高,截止的空隙越小,对DNA分子的分布能力越强,就可以分离更小尺寸的DNA片段。反之,浓度越大,只能分离长度较大的片段。 对于超大DNA片段(>50kb),普通的琼脂糖凝胶电泳很难分离,因此发明了脉冲电场凝胶电泳。 PCR是体外快速扩增待定基因或DNA序列的常用方法,具体步骤如下: 基于聚合酶制造的PCR仪实际就是一个温控设备,能在变性温度,复性温度,延伸温度之间很好地进行控制。 PCR反应五要素:引物(PCR引物为DNA片段,细胞内DNA复制的引物为一段RNA链)、酶、dNTP(脱氧核糖核苷三磷酸)、模板DNA和缓冲液(其中需要Mg2+)。

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旷野和风

一、真核基因组的结构特点:

1.编码序列所占比例远小于非编码序列。

2.高等真核生物基因组含有大量的重复序列。

3.存在多基因家族和假基因。

4.基因通过可变前接能改变蛋白质的序列。

5.真核基因组DNA与蛋白质结合形成染色体。

二、半保留复制的概念。

1.DNA复制时除代DNA双螺旋解开成为两条单链。

2.自作为模板按照碱基配对规律合成-条与模板相互补的新链,形成两个子代DNA分子。

3.每一个子代DNA分子中都保留有一条来自亲代的链。

三、半不连续复制。

1.DNA双螺旋结构中两股单链反向互补平行,一股链的方向为5' →3',另一股链的方向为3'→5'。

2.复制时合成的互补链方向则对应为3'→5和5'→3' ,而生物体内DNA的合成方向只能是5'→3’。

3.复制时,顺着解链方向生成的一股子链其合成方向与解链方向相同,合成能连续进行,称为前导链。

4.而另一股子链的合成方向与解链方向相反,它必须等待模板链解开至一定长度后 才能合成一段 ,然后又等待下一段模板暴露出来再合成合成是不连续进行的,称为后随链。

5.这种前导链连续复制而后随链不连续复制的方式称为半不连续复制。在复制中不连续合成的DNA片段称为冈崎片段。

四、真核生物的DNA聚合酶a、β、γ、δ、ε。

1.DNA聚合酶δ是复制中最重要的酶,主要负责子链的延长,相当于原核生物的DNA聚合酶Ⅲ。

2.DNA聚合酶a主要催化合成引物。

3.聚合酶β、ε参与染色体DNA的损伤修复。

4.聚合γ复制线粒体DNA。

五、DNA复制是如何实现高保真性的。

生物体至少有3种机制实现复制保真性:

①严格遵守碱基配对规律:A-T配对,G-C 配对。

②聚合酶在复制延长中对碱基的选择功能:原核生物DNA pol Ⅲ对嘌呤不同构型表现不同亲和力,从而实现其选择功能。

③复制出错时有即时校对功能:在复制过程中一旦DNA新生链3'端出现与模板错误配对的碱基时,DNA聚合酶I即能迅速识别,并利用3'→5'核酸外切酶活性切除错配的核苷酸,然后再通过其5’→3’聚合酶活性连接正确配对的核苷酸。此过程称错修复。

六、原核生物复制中参与DNA解链的相关蛋白。

解链过程主要由DnaA、B、C三种蛋白质共同参与。还有DnaG、SSB、拓扑异构酶。

1.DnaA蛋白辨认并结合于串联重复序列上(AT区),几个DnaA蛋白相互靠近形成DNA蛋白质复合体结构,可促使AT区的DNA进行解链。

2.DnaB蛋白(解旋酶)在DnaC蛋白协同下,结合并沿解链方向移动,解开双链,并置换出DnaA,初步形成复制叉。

3.解链的同时SSB结合在解开的单链上,保护单链模板。

4.DnaG(引物酶):催化RNA引物生成。

5.在解链过程中由拓扑酶来理顺DNA链。DNA拓扑异构酶II把DNA由正超螺旋变为负超螺旋,更好地起模板作用。

七、逆转录酶的三大活性。

1.RNA指导的DNA聚合酶活性。

2.DNA指导的DNA聚合酶活性。

3.RNase H 活性,作用需Zn²+为辅助因子。

八、从单链RNA到双链DNA的生成可分为三步。

1.逆转录酶以病毒基因组RNA为模板,催化dNTP聚合生成DNA互补链,产物是RNA/DNA杂化双链。

2.杂化双链中的RNA被逆转录酶中有RNase活性的组分水解,被感染细胞内的RNase H也可水解RNA链。

3.RNA分解后剩下的单链DNA再用作模板,由逆转录酶催化合成第二条DNA互补链。

九、重组修复。

当DNA双链断裂时,需要重组修复。重组修复是指在重组酶系的作用下,将另一段未受损伤的DNA移到损伤部位,提供正确的模板,进行修复的过程。“边修复,边复制”。

1.同源重组修复:参加重组的两段双链DNA在大于200bp的范围内序列相同,修复后的序列正确。大肠杆菌和酵母在同源重组修复中起关键作用的是ReoA蛋白。

2.非同源末端连接的重组修复:参加重组的两段双链DNA同源性低,修复后的序列中可存在错误,修复不精确。此方式是哺乳动物细胞DNA双链断裂的一种修复方式,起关键作用的是DNA依赖的蛋白激酶(DNA-PK)和XRCC4。

十、简述原核生物的转录终止方式。

①依赖p因子的转录终止:p因子是一种蛋白质。当核心酶移动到终止子时,p因子与其结合并发挥解旋酶活性,解开DNA-RNA杂合双链,使新合成的RNA从模板链上脱落下来,转录终止。

②非依赖p因子的转录终止:核心酶沿模板移动到DNA的终止子序列时,按照该序列转录合成的RNA有两个特征:富含GC碱基对的发夹结构和一串U序列。

发夹结构可影响RNA与模板链的结合,并阻止核心酶前进;U序列则进一步降低RNA与模板链的结合力,从而使转录合成的RNA与模板链分离。随后核心酶与双链DNA解离,转录终止。

210 评论

yangyang2336903

一、填空题

1. 限制性核酸内切酶和DNA连接酶是基因工程中两个重要的工具酶。

2. DNA复制的两大特点是半保留复制和半不连续复制

3. 细菌实施应急反应的信号是ppGpp和pppGpp产生这两种物质的诱导物是 空载tRNA启动子中的元件通常可以分为两种:核心启动子和上游启动子元件

4. 真核生物基因调控主要也是在转录水平上进行的,受大量特定的顺式作用元件和反式作用因子的调控,真核生物的转录调控大多数是通过两者复杂的相互作用来实现的。

5. 在大肠杆菌的转录过程中,RNA聚合酶全酶的σ因子负责转录的精确起始,核心酶负责转录的延伸

6. 真核生物mRNA转录后的加工步骤主要包括加帽、加尾、剪接、编辑

7. 与DNA结合的转录因子大多数以二聚体形式起作用,转录因子与DNA结合的功能域模体常见的有以下几种:螺旋-转角-螺旋、锌指结构、碱性-亮氨酸拉链、和碱性-螺旋-环-螺旋。

8. PCR的基本反应过程包括:高温变性、低温退火、中温延伸三个阶段。

10. 原核生物中DNA复制的主要酶是DNA聚合酶III,在真核生物细胞中核DNA复制的主要酶是DNA聚合酶δ。

11. 基因表达是受调控的,可在多个层次上进行,包括基因水平、转录水平、翻译水平、翻译后水平的调控

12. 蛋白质的生物合成是以mRNA为模板,以氨酰-tRNA为原料直接供体,以核糖体为合成场所。

二、选择题

1)亚硝酸作为一种有效诱变剂,是因为它直接作用于DNA,使碱基中的氨基氧化生成羰 (酮)基,造成碱基配对错误。(对)

2) 真核生物的各种RNA都必须经过剪切、修饰才能成熟。(对)

3) 大肠杆菌的mRNA在翻译蛋白质之前不需要加工。(对)

4) RNA的生物合成不需要引物。(对)

5) 如果没有σ因子,核心酶只能转录出随机起始的、不均一的、无意义的RNA产物。(对)

6) AC-Ds是玉米中的一组转座控制元件,其中Ds 来源于Ac 序列,AC对Ds的作用是顺式的。(对)

7) DNA的复制需要DNA聚合酶和RNA聚合酶。(对)

8) DNA复制时,滞后链的合成需要多个引物。(对)

四、名词解释

CpG岛、Prinbnow区、RNA的编辑、SD序列、操纵子、错义突变、代谢物阻遏效应、冈崎片段、核酶、基因家族、酵母人工染色体

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